Aunque ya todos sabemos que los clones fueron parte importante en el plan de Palpatine (pues estos ejecutaron la Orden 66 y provocaron la muerte de muchos Jedi), a día de hoy muy poca gente sabe qué pasó con ellos después.
Afortunadamente, el universo de Star Wars siempre ha destacado por ofrecer respuestas a todas las preguntas, y si bien es cierto que algunos puntos de esta historia siguen siendo un misterio, los fans tienen claro cuál es la manera ideal de rellenar esos huecos.
Hubo dos tipos de clones: los que permanecieron leales y los que desertaron
De acuerdo con el canon de Star Wars y con Wookieepedia, luego de la Orden 66 la gran mayoría de clones permanecieron leales al Imperio, pues su programación lo obligaba a eso, sin embargo, eventualmente se dividieron en dos bandos.

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Por https://superficcionweb.com/wp-content/uploads/2019/11/d46c92152c7b7daeab13ac547fb1e618-6.jpg Martínez
Uno de ellos, como era de esperarse, se mantuvo bajo las órdenes de Palpatine, esparciendo el caos y la desesperación a lo largo de la galaxia, mientras que el otro, decidió desertar, aunque esto tampoco salió del todo bien.
Según se menciona en algunas historias canónicas, en cierto punto los chips que habían obligado a los clones a atacar a los Jedi dejaron de funcionar, por lo que varios de ellos comenzaron a huir y ocultarse, sin embargo, esto solo provocó más muerte y destrucción, pues aunque no fueron cazados, nadie quería acercarse a ellos por lo que representaban.
¿Hubo alguna vez una rebelión de clones?
Debido a que todavía hay cosas que no se han explorado dentro del canon, mucha gente piensa que en cierto punto de la historia de este universo los clones se rebelaron en contra del Imperio, provocando su propia desaparición, sin embargo, ahora mismo no hay pruebas de ello.

Esta historia, si bien es cierto que se ha dejado entrever en The Bad Batch, no apareció de forma explícita en pantalla, por lo que a día de hoy solo existen historias no canónicas (mismas que pertenecen al lore de Legends) al respecto.
Dicho esto, es importante aclarar que la posibilidad de que esto haya ocurrido no es remota, pues varias historias describen que, incluso los clones leales al imperio, comenzaron a sentir remordimiento por sus acciones.